במאי 1948 חתם ראש הממשלה דוד בן-גוריון על פקודת יום להקמת צבא הגנה לישראל. הפקודה כללה את ההוראה החד-משמעית שלא יתקיים כוח צבאי במדינת ישראל מלבד צה"ל. וכך, אחד האתגרים הקשים בימיה הראשונים של המדינה היה למזג את המחתרות שפעלו בזמן המנדט הבריטי לתוך צבא ממלכתי אחד – צבא ההגנה לישראל. האתגר המורכב הגיע לשיאו האלים
ביוני 1948, בהתנגשות אלימה בין כוחות צה"ל ללוחמי אצ"ל עם הגעת הספינה אלטלנה לחוף תל אביב שנהרגו בה 3 חיילי צה"ל ו-16 לוחמי אצ"ל.
בנובמבר 1948 הורה ראש הממשלה דוד בן-גוריון על פירוק הפלמ"ח ומיזוג חטיבותיו בצה"ל. תהליך פירוק המחתרות לווה בביקורת פוליטית נוקבת כלפי ראש הממשלה ובטענות על הפעלת כוח מופרז ועל עירוב מניעים פוליטיים-מפלגתיים בהחלטה לתקוף את אנשי אצ"ל שעל סיפון האונייה. עם זאת, בעיני רבים היו אלה צעדים חיוניים בדרך לביסוס הריבונות של המדינה הצעירה.
